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El colegio tuvo su inicio en la inquietud de un grupo de jóvenes que en el año 1944 ansiaban tener un colegio en el que pudieren seguir estudiando.
En 1945 se puso en funcionamiento el Colegio Nacional Privado cuyo primer director fue el Padre Di Yorio quien eligió el nombre de «Fray Mamerto Esquiú» para esa Institución; funcionó en el Colegio Nuestra Señora de Luján. Poco después el Doctor Fernando Lillia ofreció su casa de la calle Rivadavia 658 y en poco tiempo el «Nacional» se trasladó allí.
El 5 de julio de 1948 se concretó su creación como Colegio Nacional “Eva Perón”, por la gestión política del entonces Presidente de la Cámara de Diputados Doctor Héctor José Cámpora. Su primer Rector fue el Doctor Luis García.
En 1952 se inauguró el actual edificio y el mismo año se creó como anexo el cuarto y quinto año del Magisterio para satisfacer las necesidades de un grupo de jóvenes con vocación docente.
En 1955, como consecuencia de los hechos políticos del momento, se recuperó el nombre de “Fray Mamerto Esquiú”.
En 1957 se creó el Departamento de Aplicación que serviría como campo de observación y experiencia a los estudiantes del Magisterio.
En 1958 comenzó a funcionar el Jardín de Infantes.
El 15 de mayo de 1975 nació el Profesorado para la Enseñanza Primaria, como anexo al Colegio Nacional «Fray Mamerto Esquiú», según Resolución Ministerial N° 287/73. Según Resolución N° 190 del 22 de marzo de 1982, el Colegio Nacional pasó a llamarse Escuela Nacional Normal Superior. Desde 1989 y por un lapso de cuatro años funcionó la Carrera de Técnico Superior en Administración de Empresas.
En el año 1994, según Ley 11524, las escuelas nacionales pasaron a depender de los gobiernos provinciales, modificando su nombre por el de Escuela Normal Superior «Fray Mamerto Esquiú».
En 1998 se realizó la apertura del Profesorado de Primer y Segundo Ciclo de EGB que permaneció hasta febrero de 2003. El año siguiente, la Disposición 566 estableció el funcionamiento de las Unidades Académicas.
A partir de 1997, según lo estableció la Resolución 4508, cada Instituto del Nivel Superior de las Unidades Académicas pasó a denominarse Instituto Superior de Formación Docente (ISFD), correspondiéndole al de San Andrés de Giles el N° 142.
En el año 2002 se inició el Profesorado para el Tercer Ciclo de la EGB y la Educación Polimodal en Biología con Trayecto en Ciencias Naturales.
En el año 2004 se inició el Profesorado para el Tercer Ciclo de la EGB y la Educación Polimodal en Química con Trayecto en Ciencias Naturales y el Profesorado en Lengua y Literatura para el Tercer Ciclo y el Nivel Polimodal. Esta Institución hoy constituye una Unidad Académica del Sistema Educativo de la Provincia de Buenos Aires que abarca los cuatro niveles de educación: Jardín de Infantes Nº 911 (Nivel Inicial), EP Nº 26 (Escuela Primaria), EES N° 2 (Escuela de Educación Secundaria) e ISFD Nº 142 (Instituto Superior de Formación Docente). En el año 2008 se reabrió el Profesorado en Educación Primaria.
En el año 2012 se abrió el primer año del Profesorado de Historia.
En el año 2020 se abrió en primer año del Profesorado en Educación Especial. Hace unos días se conoció la creación del profesorado de Ingles.